В 1710 году содействовал взятию Выборга, стал кавалером ордена Святого Андрея Первозванного. Находился с флотом у Котлина, имея флаг на корабле «Рига». В 1711 году начальствовал Азовским флотом и заведовал защитой Азовского края от неприятельского нападения. После неудачного Прутского похода, по заключении мира с турками, выполнил печальную обязанность срыть крепость Азов (чем и закончилось его азовское губернаторство). В 1712 году, начальствуя сухопутной армией, предпринял поход в Финляндию. В 1713 году во главе галерного флота взял города Гельсингфорс и Борго, a 6 октября того же года, при содействии князя М. М. Голицына, одержал победу в бою при реке Пелькин. Оставаясь в Або, Апраксин исправлял и строил галерный флот. В 1714 году командовал русским галерным флотом, действовавшим у шведских берегов. Под его командованием была одержана решительная победа в морском сражении у мыса Гангут 27 июля (7 августа) 1714 года. Вскоре после этого подвергся следствию за разные злоупотребления и беспорядки в Морском ведомстве, оказавшиеся не столько по его вине, сколько по мягкости характера, был приговорен к денежному штрафу. Петр, желая вознаградить за эту потерю, в 1716 году подарил ему поместья, оставшиеся после смерти вдовствующей сестры царицы Марфы. В 1715 году командовал корабельным флотом в плавании по Финскому заливу, имея флаг на корабле «Леферм». В 1716 году с галерным флотом действовал против шведов в Финляндии, высылая отряды для нападения на шведские побережья. В 1717 году, начальствуя корабельным флотом, крейсировал с ним в Балтийском море, имея флаг на корабле «Москва», и произвёл высадку на остров Готланд. 15 декабря 1717 года назначен президентом вновь учреждённой Адмиралтейств-коллегии. С 1718 года до самой смерти исправлял должность президента Адмиралтейств-коллегии, в 1719 году назначен также Ревельским губернатором.